Tata kelola STIKes Fatmawati periode 2021–2025 dilaksanakan sebagai bagian dari upaya mewujudkan good governance, peningkatan efektivitas dan efisiensi organisasi, serta peningkatan mutu penyelenggaraan Tridharma Perguruan Tinggi.
Dalam Renstra 2021–2025, STIKes Fatmawati menetapkan pengembangan tata kelola organisasi yang efektif dan efisien sebagai salah satu tujuan strategis. Renstra juga menegaskan pentingnya tata kelola yang transparan dan bertanggung jawab.